2004年9月，同濟(jì)大學(xué)通過(guò)公開(kāi)招聘，聘任美籍華人學(xué)者楊杰為生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院院長(zhǎng)、教授。2005年3月，在有關(guān)博士點(diǎn)申報(bào)材料中，一篇2004年發(fā)表于《肺癌》（LUNG CANCER）雜志的論文，被列入楊杰作為第一作者的論文清單。經(jīng)查證，該論文并非楊杰的成果。文獻(xiàn)檢索所顯示的作者署名縮“J.YANG”，不是“JIE YANG（楊杰）”而是“JUN YANG（楊軍）”。此前，楊杰以第二作者的身份確實(shí)在《肺癌》雜志上發(fā)表過(guò)論文，但所刊出的論文是在填寫(xiě)博士點(diǎn)申報(bào)材料之后，故存在明顯造假。
2005年7月，楊杰在申報(bào)長(zhǎng)江學(xué)者特聘教授候選人的申請(qǐng)材料中，再一次將JUN YANG在《肺癌》上發(fā)表的論文列入自己的成果清單。
2006年3月，在申報(bào)國(guó)家自然科學(xué)基金重點(diǎn)和面上項(xiàng)目的材料中，楊杰將他人承擔(dān)的國(guó)家“十五”攻關(guān)項(xiàng)目課題列入其承擔(dān)的科研項(xiàng)目欄目。
經(jīng)校方深入調(diào)查后，楊杰的行為背離了一個(gè)教育工作者和學(xué)者基本的科學(xué)精神和誠(chéng)信操守，違反了學(xué)校和教育部《關(guān)于加強(qiáng)學(xué)術(shù)道德建設(shè)的若干意見(jiàn)》等規(guī)章制度，根據(jù)同濟(jì)大學(xué)與其簽訂的聘任合同的有關(guān)條款，2006年3月，同濟(jì)大學(xué)正式免去其院長(zhǎng)職務(wù)；2006年6月，同濟(jì)大學(xué)決定終止與楊杰2007年7月到期的聘用合同，解除其同濟(jì)大學(xué)教授職務(wù)的聘任，楊杰不再?gòu)氖氯魏谓虒W(xué)事務(wù)。